Cơ chế phân bổ nguồn lực trong nền kinh tế thị trường có thể dẫn tới bất bình đẳng trong xã hội và quan niệm. Người giàu sẽ sử dụng lợi thế của mình để chiếm hữu ngày càng nhiều của cải và quyền lực hơn, trong khi người nghèo sẽ ngày càng nghèo hơn.

Sau một thời gian cạnh tranh "cá lớn nuốt cá bé", các nhà sản xuất nhỏ lẻ sẽ bị các hãng sản xuất lớn mạnh hơn thôn tính. Cuối cùng chỉ còn lại một số ít các nhà sản xuất lớn có tiềm lực mạnh, họ sẽ thâu tóm phần lớn ngành kinh tế. Kinh tế thị trường sẽ dần biến thành độc quyền chi phối.

Do chạy theo lợi nhuận nên các doanh nghiệp sẽ đầu tư mở rộng sản xuất liên tục, sớm muộn sẽ dẫn đến mất cân bằng cung cầu. Trong giai đoạn đầu, các công ty đầu tư phát triển sản xuất khiến nguồn cung tăng mạnh trong khi cầu tăng không tương xứng với cung. Hiện tượng này tích lũy qua nhiều năm sẽ dẫn đến khủng hoảng thừa: hàng hoá bị ứ đọng, giá cả sụt giảm, do không bán được hàng để thu hồi chi phí đầu tư nên hàng loạt doanh nghiệp phá sản và dẫn đến khủng hoảng kinh tế. Cuộc Đại khủng hoảng ở Mỹ năm 1929 chính là kết quả của sự tăng trưởng sản xuất quá mức trong thập kỷ 1920 mà không có sự điều tiết hợp lý của chính phủ.

Đó là chưa kể vấn đề về sự sai và sót trong thông tin có thể dẫn tới việc phân bổ nguồn lực không hiệu quả. Do một số nguyên nhân, giá cả có thể không linh hoạt trong các khoảng thời gian ngắn hạn khiến cho việc điều chỉnh cung cầu không suôn sẻ, dẫn tới khoảng cách giữa tổng cung và tổng cầu. Đây là nguyên nhân của các hiện tượng thất nghiệp và lạm phát.

Trong một số tình huống, thị trường tự do đi ngược lại lợi ích chung của xã hội. Việc quá đề cao tính thị trường mà buông lỏng sự điều tiết của Nhà nước sẽ tạo cơ hội cho sự ích kỷ cá nhân, vì lợi ích cá nhân mà vô cảm cộng đồng, nhất là trong những tình huống ngặt nghèo thì sẽ có những người vì lòng tham lợi nhuận mà sẵn sàng gây tổn hại cho xã hội. Ví dụ: 1 vùng xảy ra dịch bệnh nên bị thiếu thuốc men, nếu Nhà nước không can thiệp (quy định mức giá tối đa, cấm đầu cơ tích trữ) thì các nhà buôn thuốc sẽ lợi dụng tình trạng này để đẩy giá bán thuốc chữa bệnh lên cao, phần lớn dân nghèo sẽ không đủ tiền mua thuốc và sẽ phải chết vì bệnh dịch. Hoặc thị trường sản xuất phim ảnh, ca nhạc, giải trí vì chạy theo lợi nhuận mà sản xuất những tác phẩm mang nội dung phản cảm, đồi trụy, gây tổn hại tới đạo đức xã hội.

Để cơ chế thị trường không phát sinh tiêu cực, thì các điều kiện sau đây phải được thỏa mãn: thị trường phải có cạnh tranh hoàn hảo, thông tin minh bạch, không có các ảnh hưởng ngoại lai, không có đầu cơ, không có vi phạm đạo đức kinh doanh, không có lách luật v.v... Tuy nhiên, trong thực tế không có nước nào đáp ứng hoàn hảo các điều kiện này, nên có những trường hợp cơ chế thị trường sẽ không thể phân bổ tối ưu các nguồn lực kinh tế, thậm chí góp phần gây ra khủng hoảng kinh tế hoặc khủng hoảng nhân đạo. Khi đó sẽ có thất bại thị trường.

Trong thực tế hiện nay, để hạn chế mặt trái của kinh tế thị trường, không có nước nào có một nền kinh tế thị trường hoàn toàn tự do - tự phát, các chính phủ luôn can thiệp vào thị trường dù ít hay nhiều. Cũng như vậy, không có nước nào có nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung hoàn toàn (ngay cả kinh tế Bắc Triều Tiên cũng có 1 phần nhỏ là kinh tế tư nhân, kinh tế hộ gia đình). Thay vào đó, hầu hết các nước có nền kinh tế hỗn hợp. Tùy ở mỗi nước mà các yếu tố thị trường và yếu tố can thiệp của Nhà nước nhiều hay ít. Ví dụ như tại Hoa Kỳ, tuy có nền kinh tế chủ yếu là thị trường tư nhân nhưng nước này vẫn có Đạo luật Sản xuất Quốc phòng (DPA), cho phép tổng thống Mỹ có quyền yêu cầu doanh nghiệp buộc phải nhận và ưu tiên đơn hàng chế tạo vật liệu, thiết bị được coi là cần thiết với quốc phòng, dù điều đó có thể gây thua lỗ cho doanh nghiệp, Tổng thống Mỹ cũng có quyền quy định những mặt hàng bị cấm tích trữ hoặc đầu cơ tăng giá.

Trong thương mại quốc tế, mức độ thị trường hóa nền kinh tế có thể được sử dụng làm tiêu chí trong xác định điều kiện thương mại giữa hai bên.